헌법 제38조의 납세의 의무를 강조하며 종교인에 대한 사회적 신뢰를 높이고 사회보장제도의 수혜를 당당하게 받는다는 측면에서도 세금을 내는 것이 맞다. 종교인 비과세는 공평과세와 조세형평주의를 위반하는 것이며 국민의 다수가 종교인 과세에 찬성하고 있는 만큼 정부는 더 이상 주저하지 말고 현행 법제에 부합하는 일관된 조세정책을 펴야 한다.

서울 경동교회의 박종화 목사는 “목회자들도 다른 재화를 소비하면 간접세를 불가피하게 내는데 유독 소득세 면세만을 주장한다면 이는 형평에 어긋난 것”이라며 종교인 과세를 지지하는 입장이다. 불교계에서도 세금을 내야 한다는 기본 원칙에 찬성하는 목소리가 있다. 조계종 총무부장 영담 스님은 “사찰과 스님을 포함해 불교계 입장에서는 기본적으로 반대할 이유가 없다”다고 말했고, 불교계 시민단체인 종교자유정책연구원은 “종교가 공직적 활동보다는 교세확장과 사익 추구에 몰두하는 모습에 국민들은 매우 불편해하고 있다”며 과세를 지지했다.

한편 캐나다에서는 종교인에게도 근로소득세를 부과하고 있어 눈길을 끌고 있다. 캐나다 국세청은 목사 등 종교인에게도 일반 근로소득자와 동일하게 임금에 대한 근로소득세를 부과하며, 종교인에게 제공되는 주거시설이 있을 경우 그 이용 비용을 월세로 환산해 임금에 합산·원천징수하는 것으로 확인됐다. 캐나다는 개인소득세율이 높기 때문에 많은 납세자들은 기부금 영수증을 근거로 세금을 감면받고 있다.

종교 활동은 근로가 아니라 봉사인 만큼 근로소득세를 낼 수 없다. 한국기독교총연합회 대표회장 홍재철 목사는 “교회로부터 목회자가 받는 돈은 근로소득으로 볼 수 없다”며 “목회는 신도들을 보살펴주는 봉사다. 그래서 교회에선 받는 돈을 사례비나 목회비 등으로 표현한다”면서 근로가 아닌 봉사임을 강조했다. 그는 5만개가 넘는 국내 교회 중 80%에 해당하는 4만여 교회가 자생력 없는 미자립 교회인데 이들에게 세금을 걷는 것이 가능하겠느냐는 견해도 나타냈다.

또한 법인세법 제18조 기부금의 손금 불산입 조항에 따라 이중과세의 문제가 있다. 먼저 신자들의 수익에 과세를 하고 세금을 낸 신자들의 헌금이나 시주를 받은 이후 종교인에게 또다시 과세를 하게 된다면 이는 엄연한 이중과세인 것이다. 현실적으로 종교단체와 종교인의 수입 지출 내역이 투명하지 않아 과세근거 포착이 어렵다는 이유도 있다. 개신교의 경우 교회별, 목회자별로 소득 차이가 크고 불교도 대부분 스님의 소득이 명확하지 않은 만큼 천편일률적인 세금 부과가 결과적으로 부당할 수 있다는 것이다.

지금까지 과세하지 않다가 갑자기 과세하는 것은 종교에 대한 일종의 탄압으로 여겨질 수 있다며 반대하는 목소리도 있다. 특히 총선을 얼마 안 남긴 상황에서 정부가 종교인 과세 문제를 언급한 것은 시기적으로도 부적절할 뿐 아니라 종교인 입장에서는 일종의 압박으로 느껴진다며 반발하는 사람도 있다